Las comorbilidades que pueden afectar a personas con TEA son variables.

Los trastornos comórbidos son aquellos que aparecen asociados al trastorno principal. No existen en todos los casos pero sí que es muy frecuente que la persona que tiene como diagnóstico de síndrome de Asperger tenga también otros problemas.

Una comorbilidad frecuentemente asociada al TEA es el trastorno por déficit de atención/hiperactividad (TDAH). Ambos trastornos, TEA y TDAH, coexisten con gran frecuencia. En estos casos las sintomatologías de ambos trastornos se agravan. También se encuentran más alteradas la funciones ejecutivas y, aunque la memoria inmediata en muchos casos puede estar preservada, suele existir una afectación en la memoria de trabajo. 

De forma general los trastornos comórbidos a los trastornos del espectro autista más habituales son los siguientes:
   – Trastorno por déficit de atención e hiperactividad (TDAH) o, a veces, trastorno atencional o hipercinesis (es decir: una sola de las ramas del TDAH).
   – Comportamiento disruptivo, trastorno negativista desafiante (TND), síndrome del pequeño tirano (o síndrome del emperador), etc. como oposición al síndrome de Solomon.
   – Problemas del estado de ánimo como depresión o ansiedad.
   – Tics nerviosos.
  – Síndrome de Tourette.
  – Superdotación intelectual o altas capacidades.
   – Trastorno obsesivo compulsivo (TOC).
   – Trastornos del lenguaje.
   – Trastornos relacionados con el aprendizaje como por ejemplo la discalculia o la disgrafía, disgrafemia…
   – Hipersensibilidad sensitiva, etc.

El diagnóstico correcto puede incluso ser complicado debido a que las personas con autismo no son inmunes a enfermedades psiquiátricas como la paranoia, la esquizofrenia y particularmente la depresión, de manera que el clínico puede tener un problema de diagnóstico dual en sus manos.
No sorprende nada encontrar en la misma persona síntomas de distintos trastornos.

El diagnóstico en esos casos es importante en tanto que reúne síntomas y signos con un solo nombre, bajo una sola etiqueta, e indica el tratamiento y el pronóstico, traduciendo la complejidad del organismo neurológicamente diverso en algo concreto, comprensible y manejable que tiene un nombre. Una particularidad de la comorbilidad del TEA y el TDAH es que en un 30% de los casos la respuesta a los estimulantes, tratamiento tradicional del TDAH es negativa, con un incremento de la irritabilidad y la excitabilidad. Existe cierta evidencia de que en estos casos hay una comorbilidad múltiple. 

Hay problemas de conducta que se asocian frecuentemente a TEA. En la adolescencia, la comorbilidad con trastornos de ansiedad y depresivos es la norma más que la excepción. Factores biológicos pueden provocar vulnerabilidad a trastornos emocionales en el autismo. Su evaluación en las personas con TEA presenta gran complejidad.

 «Hay personas con TEA que desarrollan hiperempatia. Este es un rasgo propio de Autismo de alto funcionamiento especialmente en mujeres. Provoca en ellas conductas antisociales al evitar sufrir ya que hipersienten los sentimientos de los demás y procesar y filtrar les resulta psicológicamente agotador. Tras un encuentro social una tarde pueden acabar agotadas y descentradas psicologicamente por el esfuerzo«. (Eva Reduello).